《汉书·艺文志·方技略》载有“医经”、“经方”、“神仙”和“房中”四种中医典籍，《黄帝内经》被收录于“医经”中。

所谓“医经”，就是阐发人体生理、病理、诊断、治疗和预防等医学理论之著作。之所以称之为“经”，是因为其重要性。古人把具有一定法则、一般必须学习的重要书籍称之为“经”，如儒家“六经”，老子的“道德经”以及浅显的“三字经”等。

之所以称“内经”，并非像吴昆《素问注》、王九达《内经合类》所称“五内阴阳之谓内”，也不是张介宾《类经》所说“内者，生命之道”，而仅仅是与“外”相对为言。

这和“韩诗内传”、“韩诗外传”，“春秋内传”、“春秋外传”，《庄子》的《内篇》、《外篇》，《韩非子》的《内储》、《外储》之意相同，只是《黄帝外经》及扁鹊、白氏诸经均已散佚不传。